Приетите на първо четене промени в Закона за биологичното разнообразие задълбочават проблемите, заради които ЕК отвори наказателна процедура срещу България. Те поставят под въпрос достъпа до европейски средства за строителство на магистрали, включително и АМ Струма както и за прехвърлянето на същите пари към други проекти за магистрали.

На 13 май 2020 г. Европейската комисия (ЕК) изпрати официално писмо до Министерство на околната среда и водите (МОСВ). В писмото се констатира, че всички мащабни проекти, съфинансирани от европейските структурни и инвестиционни фондове за периода 2014-2020 г., нарушават едновременно чл. 4.4 и чл. 6.3 на Директивата за природните местообитания. Такива например са всички финансирани проекти за магистрали, включително и лот 3.1 и 3.3 на автомагистрала Струма.