На базата на данните от годишните таксации на МЗГ, данните от плановете за управление на НП “Рила” и НП “Централен Балкан”, както и неофициални данни, числеността на дивите кози в България към 2001 г е оценена на около 1000 индивида. Относително стабилна е само популацията в Западни Родопи. В Централни Родопи съществува стадо от диви кози, които са резултат от успешна реаклиматизация. Четирите субпопулации в Рила, Пирин и двете в Родопите географски не са изолирани помежду си но обмен на практика не се осъществява поради ниска численост и антропогенни фактори.
В Близкото минало видът е имал по-широко разпространение и освен в Рила и Пирин на практика се е срещал във всички части на Стара планина и Родопите. Не може да се установи кога дивата коза е изчезнала от Витоша, но със сигурност през 20-ти век видът вече не се е срещал. Съществуват непотвърдени данни само за единични екземпляри, вероятно мигрирали от Рила.
Съгласно законовата база ловуване на диви кози в България може да се извършва само в Родопите в държавните дивечовъдни станции извън защитените територии. Ловуването в националните паркове “Рила”, “Пирин” и “Централен Балкан”, където се намират останалите находища е забранено. В Плана за управление на ПП “Витоша” дивата коза не е включена като ловен обект и ловуването е забранено.
Основната заплаха за балканската дива коза е малочислеността и изолираността на популациите в целия ареал и породеното от това генетично израждане.
Основния негативен фактор е бракониерството. Допълнително негативно въздействие имат безпокойството от стада от овце и домашни кози, туристи и хищниците и други.